世界衛生組織(WTO)將鼻咽癌的病理組織,依分類訂為WTO第I, II, III型。
- 第I型:為角化型麟狀上皮細胞癌(Squamous cell carcinoma, keratinized)
- 第II型:為非角化型鱗狀上皮細胞癌(Squamous cell carcinoma, nonkeratinized)
- 第III型:為未分化型鱗狀上皮細胞癌(Squamous cell carcinoma, undifferentiated)
其中以第III型和EB病毒關係最為密切,在台灣最為常見,第II型次之。而第I型則和EB病毒沒特別關係。根據2015年國民健康署癌症登記年報指出,在台灣,鼻咽癌95%為非角化或未分化鱗狀上皮細胞癌(WHO Type III and II), 角化型麟狀上皮細胞癌 (WHO Type I)出現比例僅約2%左右。